در اکثر نهادهای دولتی کسی که از یک قوم خاص در راس یک اداره قرار دارد، بیشتر کارمندان هم مربوط به همان قوم و نژاد هستند. همچنین شماری از نهادهای کلیدی از جمله وزارت‌های مالیه، امور خارجه، دفاع، امور داخله و ریاست عمومی امنیت ملی از جمله اداراتی اند که بحث قوم و نژاد در آن در سطح بالای حکومتی مطرح است. این نهادها انحصاری هستند.
وزارت مالیه که از مهم‌ترین نهادهای دولتی افغانستان است، براساس سنت حاکم که از سال 2001 به این سو نهادینه شده، باید در راس آن یک وزیر پشتون‌تبار قرار بگیرد. این سنت از همان آغاز حکومت حامد کرزی رییس جمهور پیشین اساس گذاشته شد و اشرف‌غنی رییس جمهور کنونی نیز برخلاف آنچه که در مبارزات انتخاباتی خود بارها شعار داده گفت که در افغانستان شهروند درجه یک و درجه دوم و سوم وجود نخواهد داشت، پا روی سنت گذشته نگذاشت و از خود پابندی نشان داد. آقای غنی هرباری که برای وزارت مالیه نامزد وزیر معرفی کرد، از قوم مربوط به خودش یعنی پشتون بود.
همچنین وزارت‌های دفاع، داخله و خارجه و همچنین ریاست عمومی امنیت ملی نیز دیگر نهادهایی اند که بین دو قوم پشتون و تاجیک تقسیم بندی شده‌اند. در راس این نهادها از سال 2001 به این سو بجز از تاجیک و پشتون افرادی از دیگر اقوام معرفی نشده‌اند. بحث قومیت در ادارات محلی نیز از گذشته تاحال یک مساله مهم بوده است. در ولایاتی که اکثریت را یک قوم خاص تشکیل می‌دهد، مقام‌های ارشد محلی از میان افرادی مربوط به همان قوم و تبار منصوب می‌شوند.
به هرحال، مساله انحصار ادارات خاص و قومی شدن آن حالا دامن‌گیر دانشگاه‌های خصوصی نیز شده است.
عرفان‌الله عرفان نماینده ولایت کابل در مجلس نمایندگان، با ارایه گزارشی از وضعیت موجود در شهر کابل، می‌گوید که در نهادهای تحصیلی خصوصی بحث قومیت خیلی داغ است و هرگاه در راس یک نهاد تحصیلی یک نفر از یک قوم خاص قرار داشته باشد، دانشجویان مربوط به قوم همین شخص از امتیازات و نمرات بلندتر برخوردار می‌شوند. آقای عرفان از دانشگاه‌های خصوصی به عنوان وسیله‌یی برای جدایی اقوام نام برده می‌افزاید: «در نهادی که در راس آن از قوم تاجیک قرار دارد، دانشجویان مربوط به قوم تاجیک نمرات عالی می‌گیرند. در آن دانشگاهی که از قوم پشتون در راس قرار دارد، دانشجویان پشتون نمرات بلند می‌گیرند و دیگران از کادر میافتند. در آن اداره و نهاد اکادمیکی که از قوم هزاره در راس قرار دارد، دانشجویان دیگر اقوام از کادر علمی پایین میافتند و به دیگران توجه نمی‌شود.»
در حال حاضر بیش از هشتاد دانشگاه خصوصی در کنار نزدیک به سی و پنج دانشگاه دولتی در ولایات مختلف افغانستان فعالیت دارند. هرچند نظارت کمتری بر چگونگی فعالیت دانشگاه‌های خصوصی وجود دارد، اما این دانشگاه‌ها توانسته‌اند بار کلانی را از روی شانه‌های دانشگاه‌های دولتی و وزارت تحصیلات عالی افغانستان بر دوش بکشند.
بیشتر دانشگاه‌های خصوصی در شهر کابل فعالیت دارند و این دانشگاه‌ها هم در مناطق خاص موقعیت دارند. دانشگاهی که موسس آن یک فردی از قوم پشتون است، در ساحه پشتون نشین فعالیت دارد و همچین دانشگاهی که توسط یک تاجیک‌تبار آغاز به فعالیت کرده در یک ساحه بیشتر تاجیک نشین موقعیت دارد. این مساله نیز برترکیب دانشجویان این دانشگاه‌ها تاثیر گذاشته است. همچنین دانشجویانی که نتوانسته‌اند برای ادامه تحصیل به دانشگاه‌های دولتی راه پیدا کنند نیز ترجیح می‌دهند تا در دانشگاه‌هایی خصوصی که مربوط به قوم خودشان است تحصیل کنند.
مساله ترکیب دانشجویان در دانشگاه‌های دولتی نیز از جنجال‌های مهم است. نزدیک به سه سال قبل، صدها تن از دانشجویان دانشکده علوم اجتماعی دانشگاه کابل بدلیل آنچه که اعمال تبعیض سیستماتیک از سوی استادان این دانشگاه علیه دانشجویان هزاره می‌خواندند دست به اعتصاب زده و چندین شبانه روز در جلوی ساختمان پارلمان در اعتصاب و تحصن به سر بردند. اکثریت دانشجویان این دانشگاه را دانشجویانی از قوم هزاره تشکیل می‌دادند و این مساله برای استادان غیر هزاره حساسیت برانگیز شده بود.
با این‌حال، عرفان‌الله عرفان می‌گوید که در مکاتب خصوصی نیز وضعیت مانند دانشگاه‌های غیردولتی است. به گفته او، عمده‌ترین مشکل در این مکاتب فیس‌گزافی است که از دانش‌آموزان گرفته می‌شود.
افغانستان طی سال‌های اخیر از نگاه کمیت در زمینه آموزش و پرورش و همچنین تحصیلات عالی رشد قابل ملاحظه‌ای داشته اما در باره کیفیت تدریس در مراکز آموزش‌های عالی و ابتدایی توجه چندانی نشده است.
