مجددی رهبر فرقه نقشبندیه صوفیزم به احیای نظام شاهی تمایل داشت که به خاندان او موقف عالی قبلی را تامین میکرد. او یکجا با گیلانی جهت برقراری تماس ها با ظاهرشاه تلاش می ورزید، اما این کار با مخالفت شدید از جانب حکمتیار (رهبر حزب اسلامی افغانستان) و سیاف مواجه گردید.رهبران اسلامگرایان عقیده داشتند که رژیم شاه که در دوران آن آنها در زندان به سر می بردند، به هیچ وجه از رژیم «کمونیست» بهتر نیست و تلاش حضرت و پیر صوفیان جهت عقد اتحاد با پادشاه سابق — این خیانت به انقلاب اسلامی می باشد. برعلاوه این، احیای نظام شاهی بر مواضع آنها ضربه وارد می ساخت. اقوام حکمتیار و سیاف برای آن ده سال با کمونیستان نمی جنگیدند، تا بعد از پیروزی که مدت زیادی آرزوی آن را داشتند، قدرت را به پادشاه بسپارند که طی تمام این مدت به آرامی در غرب زندگی میکرد.
در مارچ سال 1989 مجاهدین تهاجم بزرگ را بر جلال آباد راه اندزی کردند — «جنگ شهرها» آغاز شد. در ابتدا بخش از اردوی حکومت عقب نشینی کرد، ارسال پی هم تسلیحات از اتحاد شوروی و مشاورین نظامی کار خود را انجام دادند. بعد از 4 ماه نبردها مجاهدین، با متحمل شدن تلفات 12 هزار نفری، از شهر عقب نشینی کردند و 35 هزار باشنده جلال آباد به پاکستان مهاجر شدند.
بعد از شکست در اطراف جلال آباد، مخالفین هفت عملیات تهاجمی در ولایت ننگرهار و دوازده عملیات — در اطراف خوست انجام دادند. تلاش های اشغال قندهار، غزنی، قلات و هرات نیز با شکست انجامیدند. مسکو رژیم نجیب الله را خوب تامین میکرد و از فروپاشی سریع آن جلوگیری میکرد. بدون این کمک رژیم کابل یک ماه هم تاب آورده نمی توانست.
در خزان سال 1989 «جنگ شهرها» خاتمه یافت و جای آن را «جنگ راه ها» گرفت. مسعود، عبدالحق و صوفی پاینده طرفدار خالص بر شاهراه کابل-ترمز حملات انجام میدادند و تامینات زمینی پایتخت را فلج می ساختند. ولی، قوماندانان جبهه بجای آنکه هجوم بر کابل راه اندازی کنند، با همدیگر می جنگیدند. باید گفت که مجاهدین اصلاً برای گرفتن قدرت به مفهوم واقعی کلمه و حکومت داری در افغانستان آماده نبودند و پلان برای آینده نیز نه داشتند. حوادث بعدی تخریبات، غارت دارایی های عامه و بیت المال و مصائیب ناشی از ان برای مردم، این گفته را ثابت ساخت.
در تابستان سید جمال طرفدار حکمتیار کمین را افراز کرد و 30 تن از رزمندگان مسعود را به قتل رساند. احمدشاه مسعود از او انتقام سخت گرفت، جمال را اسیر ساخت و در دسمبر سال 1989 اعدام کرد. بعد از این حکمتیار مسعود را دشمن خونی خود اعلام کرد و چند هفته بعد نبردها بین پشتون ها و تاجکان در تمام شمال افغانستان آغاز شدند. نجیب الله، با استفاده از این نفاق، شاهراه شمال را باز کرد که از طریق آن قطارهای حامل سلاح و مواد غذایی از اتحاد شوروی انتقال می یافت.
باوجود کمک قوی از شمال، رژیم کابل را پیوسته تضادهای داخلی مضمحل می ساخت. بعد از خروج نیروهای شوروی به همه روشن گردید که سقوط رژیم نجب الله — مساله مربوط به زمان است. این طرفداران رژیم کابل را به اندیشیدن راجع به آینده خود مجبور ساخت. در دسمبر سال 1989 در کابل توطیه 127 افسر عالیرتبه کشف شد. در مارچ سال 1990 جنرال شهنواز تنی وزیر دفاع جمهوری افغانستان علیه نجیب الله شورش کرد. بعد از دو روز جنگ در کابل، تنی شکست خورد و به پاکستان نزد حکمتیار فرار نمود. این بار نجیب الله توانست بر مسند قدرت باقی بماند، ولی تقریباً در انزوای کامل قرار گرفت. بسیاری از طرفداران قدیمی در مبارزات به دشمن پیوستند و کسانی را هم خود نجیب الله تیرباران کرد. در کابل عمده تاً فقط آنهایی باقی ماندند که از همکاری با مجاهدین امتناع ورزیدند و کسانی که جای برای فرار، به غیر از اتحاد شوروی نه داشتند.
زمان که برای شنای مستقلانه نجیب الله اختصاص یافته بود، با سرعت سپری میشد. بعد از فروپاشی اتحاد شوروی، یلتسن راجع به بازگرداندن مشاورین نظامی به وطن فیصله نمود و رژیم دموکراتیک در افغانستان در برابر چشم همه از هم فرو می پاشید. در آستانه سال 1991 از ماموریت سابق شوروی در افغانستان فقط 12 مشاور باقی ماندند و دیگران به روسیه فراخوانده شدند.
